The Seal of MSU Naawan shows an encircled University System Seal (depicting the Maranaw "awang" in full sail and Maguindanao lamp with three rays whose flames rest on top of Maranao boat with the figure "1961"). Within he circle is the name "Mindanao State University at Naawan" and the year "1973". Meanwhile, the color of MSU Naawan is aqua-blue.

Himno ng Pamantasang Mindanao
Music by: Lucio San Pedro
Lyrics: Angelito Flores

Silahis ang katulad mong
Nagsabog ng liwanag,
Ng pag-asa't hangarin
Ng pag-unlad

Ang pook ng Mindanao
Tinanglaw't pinalad,
Nang ikaw'y isilang
Na dakila ang hangad.

Ating ipagkapuri
Itong pamantasan
Ang buhay at pag-ibig,
Sa kanya'y iaalay

Saan man naroon ay
Bigyang karangalan,
Dakilang paaralan
Pamantasang Mindanao.